色谱法的分离原理是利用混合物中各组分在流动相和固定相中具有不同的溶解-解析能力、吸附-脱附能力，或其他亲和作用力的差异，当两相作相对运动时，样品各组分在经过固定相时发生吸附、分配、离子吸引、排阻、亲和的大小、强弱不同，从而在固定相中滞留时间不同，这些反复多次的作用，从而使混合物各组分获得互相分离。 在实际分析过程中，液相色谱仪流动相与色谱柱的温度，影响着组分的分离平衡，对于使用柱温箱的有益之处有以下几点：
1.可以使保留时间相对恒定，对需要进行的定性鉴别可提高其可信度；
2.保留时间的重复性是色谱分析进行定量的基础，这一点在色谱仪检定规程中有严格的要求。不同的保留时间不仅不能判断其成份的一致性，同时，由于保留时间不同峰面积也必将发生变化，其检测结果的可信度将受质疑。
3.温差较大时，因保留时间不稳将增加检测工作的复杂性。
4.温度低的时候，因流动相黏度增加而使检测时间延长，同时增加泵的磨损，影响设备的使用寿命。
5.如果温度过低也可能出现堵塞高压恒流泵、管路、进样阀、色谱柱的现象。其原因就是温度低溶解度相对下降而出现缓冲盐结晶。
6.温度低时还因溶解度下降使杂质吸附在填料上而难于洗脱，从而影响色谱柱的使用寿命。
